La source de la rivière est sur la commune de Val-des-Marais, dans les Marais de Saint-Gond dans le département de la Marne. Se dirigeant vers l'ouest, le Petit Morin arrose Montmirail puis après un bref passage dans le sud de l'Aisne, il pénètre en Seine-et-Marne. Il coule parallèlement au Grand Morin au nord de ce dernier, de manière générale vers l'ouest.

Il conflue avec la Marne à La Ferté-sous-Jouarre après un parcours de 86,3 km

 Souvent calme, le Petit Morin peut changer en quelques kilomètres, devenir rapide avec de petits torrents formés de belles écumes blanches qui l'oxygènent régulièrement 

Au fil de son cours, on découvre de vieux moulins et vieux ouvrages, tels que glacis, déversoirs ou encore vannages à crémaillère.

Les matins printaniers sont magnifiques, la brume montante laissant place aux rayons du soleil et à un panache de couleurs toujours changeant. De nombreuses espèces d'oiseaux et leurs chants magnifiques, le canard siffleur, la poule d'eau et de nombreux passereaux raviront les amoureux de la nature.

Sur ses rives, il n'est pas rare de rencontrer de superbes chevreuils, lapins, ragondins. Toutes ces espèces sont facile à observer si on se lève de bonne heure et si l'on sait se faire discret.